ছত্রাকনাশকগুলি যেভাবে ব্যবহার করা হয় সে অনুযায়ী শ্রেণীবদ্ধ করা হয়

1. প্রতিরক্ষামূলক এজেন্ট
প্যাথোজেনিক অণুজীবগুলি উদ্ভিদের সাথে যোগাযোগ করার আগে বা উদ্ভিদকে ডুবিয়ে দেওয়ার আগে, গাছের ক্ষতি থেকে রক্ষা করার জন্য রোগজীবাণু স্পোরের অঙ্কুরোদগমকে বাধা দেওয়ার জন্য বা অঙ্কুরিত প্যাথোজেনিক স্পোরগুলিকে মেরে ফেলার জন্য একটি ওষুধ দিয়ে চিকিত্সা করা হয়। এই প্রভাবকে সুরক্ষা প্রভাব বলা হয়। এই প্রভাব সহ এজেন্টরা প্রতিরক্ষামূলক এজেন্ট। যেমন বোর্দো মিশ্রণ, দস্তা দস্তা, কপার সালফেট, সবুজ দুধের তামা, ম্যানকোজেব, ক্লোরোথালোনিল ইত্যাদি।
2. থেরাপিউটিক এজেন্ট
থেরাপিউটিক এজেন্টের প্যাথোজেনিক অণুজীবগুলি উদ্ভিদে অনুপ্রবেশ করেছে, তবে উদ্ভিদটি লক্ষণ দেখায় এবং ইনকিউবেশন পিরিয়ডে রয়েছে। ওষুধটি উদ্ভিদের এপিডার্মিস থেকে উদ্ভিদের টিস্যুতে প্রবেশ করে এবং ট্রান্সডাকশন, ডিফিউশন বা মেটাবোলাইট উৎপাদনের মাধ্যমে প্যাথোজেনকে মেরে ফেলে বা বাধা দেয়, যাতে রোগাক্রান্ত উদ্ভিদ আর ভোগে না এবং স্বাস্থ্য পুনরুদ্ধার করে। যে এজেন্টগুলিতে এই থেরাপিউটিক প্রভাব রয়েছে তাদের থেরাপিউটিক বা কেমোথেরাপিউটিক এজেন্ট বলা হয়। যেমন থায়োফেনেট-মিথাইল, কার্বেন্ডাজিম, কাসুগামাইসিন ইত্যাদি।
3. নির্মূল এজেন্ট
ইরাডিক্যান্ট বলতে প্যাথোজেনগুলিকে বোঝায় যা উদ্ভিদে আক্রান্ত হওয়ার পর প্রয়োগ করা হলে সরাসরি আক্রমণকারী প্যাথোজেনগুলিকে মেরে ফেলতে পারে। যেমন একটি নির্মূল প্রভাব সঙ্গে এজেন্ট নির্মূল এজেন্ট হয়. যেমন থিরাম, সোডিয়াম পেন্টাক্লোরোফেনেট, লাইম সালফার ইত্যাদি।